NŠTA turi 3 valdymo organus:

Visuotinis narių susirinkimas– aukščiausias Asociacijos organas, šaukiamas ne rečiau kaip kartą per metus ir esant reikalui.

Asociacijos Taryba – kolegialus valdymo organas, kurią sudaro 8 nariai: Violeta Vasiliauskienė, Lina Danusevičienė, Remigijus Jucevičius, Aurentas Grubinskas, Edita Gulbinienė, Erlendas Bartulis, Evaldas Plečkaitis, Indrė Gajdosikienė, Kristina Pikūnė (Tarybos konsultantė) Tarybos pagrindinės veiklos: koordinuoja Asociacijos veiklą, priima sprendimus dėl naujų narių priėmimo ir pašalinimo, asociacijos vykdomų projektų bei jų finansavimo tvarkos tvirtinimas ir koordinavimas.

Asociacijos pirmininkas (Asociacijos Tarybos pirmininkas) – vienasmenis valdymo organas, kai yra santykių su kitais asmenimis, taip pat sudaro sandorius Asociacijos vardu. Nuo 2022 m. balandžio 22 d. Asociacijos pirmininke antrai kadencijai iš eilės perrinkta Violeta Vasiliauskienė (Tarybos protokolo Nr. 20220422-01).

Etatiniai darbuotojai

NŠTA veikla vykdoma nuotoliniu būdu, esant reikalui susitikimus organizuojame gyvai.

Organizacijoje dirba tik vienas darbuotojas NŠTA koordinatorius, nuo 2023 m.  rugsėjo 12 d. (0,75 krūviu) šias pareigas eina Diana Pukelienė.

Visas NŠTA koordinatoriaus atlyginimas dengiamas tik rėmėjų lėšomis.